El clima de la región continental es de tipo ecuatorial con dos estaciones secas: una de julio a septiembre, la más importante, y otra desde diciembre hasta mediados de febrero, y dos estaciones lluviosas: una de septiembre a noviembre y otra de marzo a junio. La temperatura media es de 25 ºC con una oscilación no superior a 5ºC. La humedad relativa promedio es del 90%, descendiendo levemente, hasta el 85%, en la estación seca. La precipitación anual es de 1800 a 3800 mm, precipitación que se recoge fundamentalmente entre los meses de septiembre a diciembre registrándose un descenso considerable en los meses de marzo y mayo (De Castro & De la Calle, 1985: 15-16; Fa, 1991: 20). No obstante, estas medidas varían en gran medida de un año a otro estimándose como precipitación media 2500 mmaño (Willks & Issembé, 2000: 3). La pluviosidad disminuye de oeste a este y de sur a norte. Las zonas montañosas, como la de Monte Mitra, y la cuenca drenada por el Mitemele (Utamboni), en la frontera con Gabón por el sur, son las zonas más húmedas.
El clima de Bioko es de tipo templado, tanto por las corrientes marinas cálidas del Golfo de Guinea como por el relieve de la isla. Este relieve origina diferencias patentes entre el norte y el sur de la isla. En general, el clima de Bioko puede adscribirse a un tipo ecuatorial, con un componente monzónico en la parte sur. En Bioko se diferencian dos estaciones muy marcadas, la seca, de noviembre a marzo, con predominancia de los vientos secos del Harmattan, de origen continental, y otra lluviosa desde abril hasta octubre (De Castro & De la Calle, 1985: 16; Fa, 1991: 17-18). La temperatura media anual es de alrededor de 25 ºC en Malabo, con máxima generalmente en febrero y mínima en septiembre pero con variaciones que escasamente superan los dos grados centígrados. La humedad relativa tiene un valor medio del 90%, aumentando este valor hacia el sur, por el elevado nivel de precipitaciones, y en altitudes de 1000 a 1500 m, como consecuencia de la formación de un cinturón de nubes densas. El litoral del norte tiene una precipitación media anual de unos 1950 mm, sin embargo en la zona sur este valor medio alcanza cifras de unos 11000 mm en Ureca. Según Terán (1962), en Ureca han registrado máximos absolutos mayores de 14000 mm.
Annobón tiene un clima muy similar al de Bioko. Tiene una temperatura media de 26,1 ºC, con poca variación anual, y dos estaciones bien diferenciadas provocadas por la variación en el régimen de lluvias. La estación húmeda se extiende de noviembre a mayo. La seca supone un período de intenso estiaje del monzón (De Castro & de la Calle, 1985: 69; Fa, 1991: 22).